对于肾脏病来说，金匮肾气丸主要治疗被中医临床辨证属于肾阳虚型的慢性肾炎、慢性肾盂肾炎、糖尿病肾病等，可起到明显的改善症状的作用，可减轻患者因强的松而引起的精神异常、眩晕、肥胖及多汗等并发症；还可以治疗肾病患者的腰痛等，但经多年的临床实践，金匮肾气丸并不能够对慢性肾病的肾脏纤维化进程起干预和阻断作用，所以，对于慢性肾病患者，仍需系统正规的合理治疗。
首先，在临床应用金匮肾气丸时，应做到具体情况具体分析，不能随意使用。例如金匮肾气丸主要治疗肾阳虚，这就要求我们在治疗中应注意明辨肾阴虚还是肾阴阳俱虚：对待糖尿病及其并发症者，若以阴虚为主，尤其是阴虚同时兼有内热者，金匮肾气丸则是不合适的。具体来说可能引起口渴多饮烦热，咽干，失眠，性欲亢进，遗精早泄，便干加重，而表现为头痛、牙痛、口腔溃疡等所谓“上火”的症状。
另外，在治疗慢性肾脏病过程中，必须根据患者具体病情，随证加用其他药物，或与其他方剂同时应用。如对于糖尿病慢性并发症患者，由于久病入络、久病多瘀，临床上常需配合活血化瘀的药物，如此便可以治疗糖尿病肾病，减少尿蛋白和尿微量白蛋白，保护肾功能，改善血肌酐、血尿素等指标。
再有一点就是，因为肾脏病属于一种慢性疾病，金匮肾气丸作为一种中成药，可以起到一定的治疗效果，但由于其药效较慢，且不能充分发挥作用，其临床效果往往不能令人满意。针对以上原因，有关肾病专家在中药传统组方基础上，参考了金匮肾气丸成分及用药机理，应用联合用药的方式，近年取得一定成效，临床效果较佳。
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